Wii U『ピクミン3』に収録されている、ゲームモードの1つ。故郷のコッパイ星を食糧危機から救うため、惑星「PNF-404」でピクミンたちの力を借りながら果実を集める。また調査隊一行はコッパイ星に帰るため、不時着の際に落としてしまった宇宙船のパーツ「ワープドライブ・キー」も同時に探すことになる。
ストーリーモードの各エリアでは、目的の果実の他に、探索範囲を広げる通信端末や、チュートリアルを含むゲームの攻略に役立つ様々な「探索メモ」を拾うことができる。探索メモの中には用途不明の“秘密のメモ”もあるが、使い方は後日発表予定。
各エリアに散らばる果実をすべて回収すると、最大で99日探索することができる。
始まりの森
果実の数: 18個。赤ピクミンのオニヨンと合流
アルフ落下地点。
再会の花園
果実の数: 17個。岩ピクミン、青ピクミンのオニヨンと合流。
ブリトニー落下地点。
迷いの雪原
果実の数: 16個。黄ピクミンのオニヨンと合流。
チャーリー落下地点。
交わりの渓流
果実の数: 15個。羽ピクミンのオニヨンと合流。
？？？？
果実の数: 0個。
ラストエリア。
オリマーの調査レポート
各エリアに落ちている「秘密のメモ」を10枚集め、Wii Uのインターネットブラウザーから「http://www.nintendo.co.jp/pikpiksecret/」へアクセスして数字を入力すると、オリマーたちが探索時に撮影した調査レポート映像を見ることができる。全部で6種類。
～森の中にて～
101 263 0406
～花園にて～
373 201 0364
～雪原にて～
621 592 8828
～渓流にて～
543 869 1912
～塔の前にて～
262 392 6872
ルーイの調査レポート
～お宝の前にて～
300 498 0674
